GNU/Linux如今是高性能MySQL最常用的操作系统，但是MySQL本身可以运行在很多操作系统上。
Solaris是SPARC硬件上的领跑者，在x86硬件上也可以运行。Solaris 常用在要求高可靠的应用上面。Solaris 在某些方面的易用性可能没有GNU/Linux的名气大，但确实是一个坚固的操作系统，包含许多先进的功能。尤其是Solaris 10增加了ZFS文件系统，包含了很多先进的故障排除工具( 如DTrace)、良好的多线程性能，以及称为Solaris Zones的虚拟化技术，有助于资源管理。
FreeBSD是另一种选择。它历来与MySQL配合有一些问题，大多时候都涉及到线程支持，但新的版本要好得多。如今，看到MSOL在FeED上大规模部署的场景并不是什么稀罕事。ZFS 也可以在FeeBSD上使用。
通常用于开发和桌面应用程序的Mysosu选择的是Wnd也有企业级的MySQL部署在Windows上，但一般的企业级MySOL更多的还是部署在类UNIX操作系统上。我们不希望引起任何有关操作系统的争论，需要指出的是在异构操作系统环境中使用MySQL是不存在问题的。在类UUNIX的操作系统上运行的MySQL服务器，同时在Windows.上运行Web服务器，然后通过高品质的NET连接器(这是MysSQL免费提供的)进行过接，这是个非常合理的契构。从UNX连接到Wndw上的8y5L服势的)连接到另一台UNIX上的MySQL服务器一样简单。
当选择操作系统时，如果使用的是64位架构的硬件(见前面介绍的"CPU架构")，请确保安装的是64位版本的操作系统。
谈到GNU/Liux发行版时，个人的喜好在往是决定性的因素。我们认为最好的策略是他用专为服务器应用程序设计的发行版，而不是桌面发行版。要考虑发行版的生命周期、发布和更新政策，并检查供应商的支持是否有效。红帽子企业版Linux是一个高品质、稳定的发行版CentOS是一个受欢迎的二进制兼容替代品(免费)，但已经因为延后时间较长获得了一些批评 ;还有Oracle发行的Oracle Enterprise Linux :另外，Ubuntu和Debian也是流行的发行版。
